门缓缓打开，里面是一个巨大的密室。密室中，全息影像里闪烁着，竟是凌雪的面容，影像中的她正在布置某个时空坐标点。
就在这时，海盗联合叛变势力突袭了科考队。周行果断启动学院秘密武器「苍穹之锚」，然而，能量过载导致空间扭曲。凌雪为了保护学员，强行驾驭未修复的「银翼」战甲迎战。
激烈的战斗中，凌雪陷入了濒危状态。就在这时，她体内的纳米刻印与「银翼」发生了未知反应，战甲散发出耀眼的光芒，进化出了预言中「星穹形态」。
战斗结束后，周行发现凌雪颈间的吊坠与学院地底封存的「星渊之钥」产生了量子纠缠。通过解密吊坠内的芯片，两人震惊地发现，凌雪竟是初代「银翼指挥官」的克隆体，而她的记忆被刻意覆盖。
凌雪在知道真相后，强行闯入学院禁地。她激活了「银翼军团」的休眠ai，整个训练场被一股强大的能量笼罩，重构为初代银翼指挥官的训练场景。
在这里，凌雪的脑海中涌现出许多陌生的战斗记忆碎片。与此同时，周行被上级指控泄露机密，他被软禁在院长室。为了证明凌雪的清白和「银翼计划」的合法性，周行利用职权调取了星际档案局最高权限记录。
他发现，三百年前「银翼计划」并非单纯的战争部署，而是为阻止更高维度入侵的「活体兵器」实验。凌雪得知这些后，决定不再坐以待毙。她与周行约定在空间站「天枢」汇合，共同揭开真相。
然而，他们的行动被人察觉。凌雪遭遇伏击，战甲被特殊粒子炮击中，粒子炮能分解纳米刻印。危急时刻，周行驾驶机甲「苍蓝」现身。他启动院长专属的「星轨共鸣」模式，与凌雪的战甲并肩作战，击退了敌人。
两人成功抵达「银翼军团」总部遗址。在这里，他们发现了一个惊人的真相：学院地底的「星渊之钥」实为封印高维裂隙的锁，而凌雪的克隆体身份是为了周期性重置「银翼」来抵御入侵。
就在这时，叛变势力首领现身。他揭露周行早已知晓凌雪的身份，却隐瞒了每次重置会加速星球坍缩的真相。原来，他的目的是为了逼迫凌雪自愿牺牲，以换取联邦与高维生物的和平协议。
凌雪在了解到一切后，内心十分痛苦。但她没有退缩，她将「星渊之钥」与战甲融合，周行的机甲则链接全星系能源网。两人背靠背冲入裂隙核心，试图从内部摧毁能量节点。
在裂隙核心，他们面临着前所未有的挑战。空间规则不断重组，周行逐渐被数据化吞噬。凌雪看着周行，心中满是不舍，但她还是咬牙启动了自