书里面对三大案的定性，不合朱由检的意思。他想要把移宫案需要重新定性，重新确立定策之勋、从龙之功等规矩。那就必须要废除《三朝要典》，重新审理三大案。
同时，因为魏忠贤用三大案陷害的官员太多。东林党人想要为他们翻案，以后也必然会提出禁毁《三朝要典》。
与其被他们逼着禁毁，朱由检觉得不如自己把《三朝要典》召回，用《三朝纪事》覆盖。
避免以后在禁毁《三朝要典》时，被人连带着提出给黄立极、杨景辰、余煌等参与编纂的官员定罪，影响朝堂格局。
这是朱由检的考虑，也是他用《三朝纪事》覆盖《三朝要典》的原因。黄立极闻弦歌而知雅意，主动提出召回《三朝要典》。
如此一来，《三朝要典》的事情，在朱由检这里就算完结。
以后再有人提出禁毁《三朝要典》、追究编纂者的责任，朱由检也完全可以当做没有这部书，已经在重新编纂。
黄立极等编纂官员，说到底是按天启皇帝的圣谕行事。朱由检不可能因此惩罚他们，导致以后没人按自己指示修史。
同时朱由检还想到紫阁传记的事情，下令紫阁功臣和紫阁贤臣的传记，同样由国史馆编纂。这些传记内容，都要录入国史。