自然非常不甘。知道祖家迁移后就是失去根基，丧失如今地位。
但是通虏的罪名压下来，他又能怎么办？
如果朝廷追着这件事不放，他本人可能被问罪不说，整个祖家都有可能受牵连。
所以思来想去，祖大寿同意了迁移之事，告诫探监的祖家族人，配合朝廷命令。
祖家屈服之后，依附他们的吴家等家族，同样开始屈服。迁移辽东将门之事，自此再无阻力。
对于辽东军中的议和派，孙承宗也按皇帝的要求，对他们加以打击。在军中宣扬“驱除鞑虏，恢复辽土”等口号，从思想上根除议和派。
不过因为议和的事情，主导者是袁崇焕。如今袁崇焕不在，这些人无法定罪。再加上孙承宗不想把事情做绝，所以他把沈棨等人和祖大寿一样，交给朝廷处置。
十二月二十五日，这些消息便被送到京城，朱由检终于知道了辽东发生的事情。
收到孙承宗和锦衣卫的奏报，朱由检十分喜悦。祖大寿被轻易拿下，祖家也按朝廷要求迁移关内，说明辽东的局势和他预想的一样，没有到不可收拾的境地。
如今的辽东兵马，仍旧被朝廷掌握。以这支兵马的战斗力，即使其它地方全乱了，也能把天下重新打下来。
历史上，崇祯皇帝数次打败农民军，很大程度上依靠了辽东兵马。
再加上曹文诏、周遇吉、黄得功等人出身辽东的事情，让朱由检认识到当今天下的精兵强将，大多聚集在辽东。所以，他决定加强对辽东兵马的掌控，对配合朝廷政策的祖大寿等人，同样施加恩典：
“通虏议和之事，既是袁崇焕主谋，祖大寿就称不上主犯。”
“如今是用人之际，朕允许他戴罪立功。”
“传旨，让祖大寿率本部兵马去陕西，辅佐陕西巡抚孙传庭组建陕西标营，负责剿匪之事。”
“若能再立新功，朕不吝封爵之赏。”
把祖大寿调任陕西，带着部下前去。
这个任命，是朱由检深思熟虑的结果。
因为祖大寿在历史上反复横跳的事情，朱由检对他的忠心是怀着疑虑的，尤其不放心把他放在辽东前线。
但是放在其它地方，那不需要有多少担心了。以祖大寿的地位，他不可能放着荣华富贵不要，投靠不成气候的农民军。
而且他的领兵作战能力，也是目前的陕西兵马所欠缺的。
只要以祖大寿和他的部下为核心，陕西能很快组建一支精兵，对农民军作战。
所以，朱由检在祖大寿屈服后，便决定继续用