由检为了让那些参谋警醒，又处罚杨嗣昌道：
“杨嗣昌违背军中规矩，加衔降低一级。”
“众卿要引以为戒，不要随意越线。”
拿杨嗣昌杀鸡儆猴，遏制参谋部指挥前线战事的冲动。
让枢密院的官员，同样引以为戒。
为了防止枢密院和参谋部用其他方式影响前线战事，朱由检对战争中的人员调动、赏赐惩罚等方面也做出了限制，规定在前线没有提出请求时，枢密院不得在战争中随意下令。
不能因为有了臂板通信，就在战斗中指手划脚，让前线将士无所适从。
臂板通信可发挥其它方面的作用，例如向前线通报敌人的动向、己方军队的调动、朝廷发生的大事、甚至为将士传递家书……都比胡乱指挥有意义。
军中文书也做出严格规范，把正式军令和参谋建议区分开。
而且为了加强参谋部的专业性，朱由检下令设立边防军参谋司、海军参谋司，在两军设置参谋长，以副总参谋长身份加入参谋部。参谋部对边防军和海军发出公文时，需要他们副署。
各个方面军也要像京营禁军一样设立参谋司，师级设立参谋厅。以参谋长为主官，负责接收和研究参谋部的建议，并且在必要时接替将领指挥。
前线的指挥顺序，也被一再强调，确定战争中的第一指挥官和负责人。
对于大凌河堡来说，就是确定了何可纲对大凌河之战的指挥权。在战事扩大为锦州之战、辽东之战之前，就算是锦州总兵和辽东提督，也无权干涉何可纲的指挥。
他和护军都尉霍维华，就是大凌河之战的第一、第二负责人。