谋部负责军令和指挥调动，营兵训练和卫所管理则交给了边防部和海军部。两部所辖军队只有在敌人入侵时，才有在防区内防御的权力。营以上兵力调动和跨防区调动，必须有参谋部的军令。
同时，边防部参谋司、海军部参谋司的主官兼任副总参谋长的事情，也确定了下来。参谋部向两部发出的军令，必须由相应参谋长副署。
如此参谋部和边防部、海军部的职权，总算得以明确。三部也设立了很多机构，负责自己的职权。
例如参谋部就在袁可立的允许下，新设庙算委员会，邀请兵部、边防部等部门人员加入，负责选将、量敌、度地、料卒、远近、险易等庙算。
边防部的训练司专门训练了一批炮兵和气球兵，派去辽东战场支援，提高火力打击和侦查能力。
海军部则更忙，因为海军提督俞咨皋就是辽东前委之一。他们提出了一个沿着海岸线和河流进兵的路线，以便更好地运输后勤物资和兵力。
甚至海军部还打算把新建成的炮舰派过去，从海上支援火力。
装备部、后勤部也只能根据他们的要求，提供武器和军需。
整个枢密院都被调动起来，在袁可立等枢密大臣的努力下，更加趋于完善。
朱由检之前设想的战争机构，已经逐渐实现。
他对此是非常欣喜的，也放心地把辽东战事交给袁可立等人负责，自己则专注其它方面。
其中最让他关心的，就是锦衣卫的事情。在经过前期的整顿之后，锦衣卫各司已经相继组建，甚至在地方镇抚司成立下属机构。
沈棨、张存仁等人被查出，就是他们的功绩。
不过因为沈棨被抓仓促抓捕张存仁的事情，也让朱由检认识到：
现在的锦衣卫力量有些分散，没有形成合力。
尤其是内部的沟通机制不够完善，需要加强联系，派专人协调他们。
他的打算就是，仿照枢密院战时委员会设立安全委员会。借着建虏的压力，将锦衣卫的机构进一步完善。
安全委员会将作为锦衣卫最重要的协调机构，以后一直常设。