等人带着自己的飞船回去充电。
果然，回去之后，因为墨菲斯的计划和司令的产生冲突，他和墨菲斯对峙起来。司令他可不管，也不相信先知那一套，也不相信一个人就能改变一场战争的结局。他只相信越多的飞船镇守锡安，才能有越多的机会取得胜利。
但墨菲斯对先知可是深信不疑的，而且尼奥的出现，以及尼奥如同传说中首次解放人类的第一人类似的能力，让他对这场战争充满了希望。
理念的不同导致了冲突，不过好在有议员，也就是人类最后的领袖从中周旋，再加上尼奥带来的不可争议的帮助：比如在过去六个月解救了比过去六年还多的人类。
这些，才让司令松了口，同意墨菲斯的计划。
之后，在主角的视角内，锡安这座钢铁浇铸的。充满了银灰色金属质感的城市，出现在观众们的眼前。
没有美好，只有破败。
遍布机械的城市和衣衫褴褛的，仿佛中世纪旧社会人类交织在一起，给了观众超强的落差。
特别是看到那些面黄肌瘦的人们捧着食物，衣物，祈求着尼奥能照顾一下他们在飞船上执行任务的亲人时，许多观众都不禁生出感慨。
人类，已经落后到这种惨烈的地步了么？
剧情继续......
锡安字建造在接近地核的地底深处的，因为这里比较温暖。所以，在人类庆祝这次飞船集体回归的舞会，便在地底的溶洞进行。
人们赤着脚，穿着破破烂烂的暴露衣服，听完墨菲斯这位精神领袖鼓舞人心的话之后，便摩肩擦踵地跳起舞来。
就像原始人求偶一般的舞蹈，充满了荷尔蒙的气息。
当然，韩秋是不会拍露点的镜头的。太过暴露，广电可不会给过的。
“呼，这就是锡安啊，感觉太.....太惨了吧。”
“感觉还没矩阵内的人过的幸福....”
“终于体会到第一部那个背叛者的心情了....”
观众们唏嘘不已，纷纷对人类的境地感到担忧。
而在此时，镜头切换到矩阵内，留下来接应先知的飞船中，两个船员在拿着先知的答复返回现实世界时，被雨果袭击。
两人中，一人身亡，另一人，被雨果复制了。
对，就是复制，如同克隆体一般的复制。
只见他把手插进对方的身体中，仿佛把手伸进水面似的伸进了对方的胸膛，然后，“水面”如同水银般从他的胸膛开始蔓延，直至全身，直至完全包裹住他的身体。
最后，水银褪去，