因为杨嗣昌的进谏，朱由检没有通过枢密院提出的迁徙京城卫所方案。
他在二月二十八日，举行枢密院、兵部、五军都督府联席会议，专门商讨这件事情。
由于杨嗣昌已经在皇帝面前大胆说出实情，皇帝对卫所糜烂的现状也没有多加责怪。担任京营护军使的李邦华在受到皇帝斥责后痛定思痛，大胆陈述京城卫所情况，并认为很多在卫所吃饭的冗员，完全可以裁去：
“京师七十二卫，每卫吏役以三四十名计，合之以二千余人计。”
“此辈空耗粮饷，臣以为每卫留二到四人即可，余者皆可裁去。”
朱由检根本不知这件事情，仔细询问他道：
“这些吏役都是做什么的？”
“为何可以裁去？”
李邦华道：
“他们主要负责文移等事，各卫职守不繁、文移极少，留着他们空耗钱粮而已。”
这是李邦华的看法，朱由检听到之后，却是皱眉说道：
“卫所官兵调动，还有军户的服役、迁徙，怎么能说职守不繁呢？”
“现在卫所的名册，是由谁在管理？”
李邦华支支吾吾道：
“应该还是各卫在管理。”
想到各卫名册形同虚设的现状，实在不好再说裁去吏役。
朱由检就是想到了这点，所以才没有答应李邦华说的裁去冗员。但他对这些光吃饭不干活的吏役同样不满，神情严肃地道：
“各卫名册混乱，实是吏役失职。”
“这些人但凡不能把名册对上的，全部充为军户发往军前效力。”
“京城各卫的职责和机构也要改，不能再这样稀里糊涂下去。”
这点群臣是认同的，因为京城的卫所，已经到了非改不可的地步。
尤其是城外顺天府的卫所改制完成后，城内如果不改，就有外强内弱的危险。
枢密同知袁可立道：
“城内卫所是要改，但他们没有土地，如果按名册征兵，军户该何以为业？”
“臣以为还是在城郊为他们分配土地最恰当，可以让愿意耕种的军户去城外。”
朱由检微微点头，说道：
“愿意耕地的军户，确实可以迁去城郊一带。”
“但是不愿意耕种的，也得尊重他们的意愿让他们在城内择业。”
“朕的意见就是，把京城卫所的名册统计出来，完全打乱重排。”
“愿意去种地的，按照他们祖上的功劳和分配的土地，优先让世袭军官、世袭军士挑选土地，把他们迁到