这次京城卫所整体调动，朱由检当然想要夺回一些权力。
尤其是亲军卫所，朱由检最为重视，他问袁可立道：
“亲军卫所，以前是怎么管理？”
“今后要形成定制，明确责任到人！”
袁可立这些日子一直在思索这件事，闻言当即回道：
“上直亲军和普通京卫指挥使司不同，全称上直卫亲军指挥使司，共有二十六个。”
“国初之时，太祖置帐前总制亲军都指挥使司，以冯国用为都指挥使。”
“后改置金吾侍卫亲军都护府，设都护，从二品。”
“后罢亲军都护府，以各卫亲军指挥使司分掌宿卫。”
“臣以为当重设亲军都护府，任命都指挥使和护军使。”
这是按皇帝的思路，把军令和军政分离。又因为现在是营兵制，卫所只作为兵源，征调之后由京营管理。
所以亲军都护府主要是军政上的事务，主要由文官出身的护军使管理。
朱由检对此当然不满，说道：
“现有金吾卫都督府，不用重复设置金吾侍卫亲军都护府。”
“朕以为用有金吾卫都督加衔的人担任亲军都指挥使即可，不用重复设立衙门。”
这就抛开了护军使，如同五军都督府没有护军一般。
但是金吾卫都督只是加衔，而且任命权在皇帝手里。
群臣显然不认可这个设置，袁可立道：
“金吾卫都督只是虚衔，不能由虚转实，增设一个都督府。”
“若是不设亲军都护府，臣以为当按亲军卫驻扎位置，由五城兵马司护军、地方守备区护军管理。”
这相比设立亲军都护府更不如，因为这相当于把上直亲军卫完全交给了地方，以后还怎么管理它们？
朱由检和群臣拉扯一番，最终在思虑之后，说出了自己的目的：
“亲军都护府可以设，但不能掌管所有亲军卫。”
“腾骧四卫、涿鹿左右卫由御马监管，涿鹿左右卫由涿鹿守备区协助管理和监督。”
“锦衣卫、旗手卫、金吾四卫，由锦衣卫监南司房直管。金吾四卫因为负责中城的四个坊，由中城兵马司协助监管。”
“他们屯垦的地方，也由当地护军司或守备区协助监管，不能让他人侵占土地。”
这里面有让步有进取，最大的变化是在把金吾左右卫纳入锦衣卫监后，又把金吾前后卫划拨进里面。
让步的地方则是明确了所在区域护军对卫所的监管权，虽然只是协助。
群臣对